Nå kan viktig informasjon om koronaviruset deles lettere over hele Europa
Detaljer om norske koronavirus-gener blir nå for første gang fritt tilgjengelig gjennom den åpne genbanken ENA. UiT-professor Nils Peder Willassen har ledet dette arbeidet.
Willassen er også nestleder for ELIXIR Norge, den norske forskningsinfrastrukturen for bioinformatikk og biologiske data. I samarbeid med Folkehelseinstituttet (FHI), har Willassen og Elixir laget en teknisk løsning som laster opp de norske virussekvensene til genbanken sammen med informasjon om hvor prøvene kom fra. Løsningen sikrer at sensitiv informasjon om pasienten som hadde det aktuelle viruset ikke inkluderes.
– I den pågående pandemien har det vist seg å være svært viktig at all tilgjengelig virusinformasjon deles så raskt og åpent som mulig, med helsepersonell og forskere verden over. Vi er derfor svært glade for at også norske virussekvenser nå gjøres åpent tilgjengelig, sier Willassen som er professor i bioteknologi.
Lettere å sammenligne gener
– Ved deling av disse rådataene er det mulig å foreta systematiske sammenligninger av alle tilgjengelige koronavirus gener, SARS-CoV-2-sekvenser, internasjonalt - og det er viktig at norske sekvenser er en del av dette, sier Willassen videre.
– Vi er svært glade for å bidra med norske virussekvenser i den internasjonale dugnaden sier Anna Karin Germundson Hauge, avdelingsdirektør ved avdeling for bakteriologi ved FHI.
Pasientspor fjernes
Den tekniske infrastrukturen som Willasen og kollegene har utviklet gjør det enklere å gjøre rådata fra den norske koronavirus-overvåkningen åpent tilgjengelig i internasjonale genbanker, som ENA (European Nucleotide Archive), en kvalitetssikret internasjonal database som samler og ivaretar alle typer nukleotidsekvenser.
Løsningen benytter seg av NeLS, den norske e-infrastrukturen for livsvitenskapelige data, som er utviklet av ELIXIR Norge, og TSD, Tjenester for sensitive data. Med denne tekniske metoden bevares all informasjon som er nødvendig for åpen gjenbruk av data, samtidig som alle spor fra pasienten som har hatt det aktuelle viruset fjernes, slik at personvernet hele tiden er ivaretatt.
Om ELIXIR
ELIXIR Norge er den nasjonale forskningsinfrastrukturen for bioinformatikk og ledes av Universitetet i Bergen (Professor Inge Jonassen) i samarbeid med Universitetet i Tromsø (Professor Nils Peder Willassen), NTNU (Professor Pål Sætrom), NMBU (Professor Dag Inge Våge) og Universitetet i Oslo (Professor Eivind Hovig).
Arbeidet beskrevet over er delfinansiert av infrastrukturprogrammet til Norges Forskningsråd gjennom prosjekt 270068 ‘ELIXIR2’, og av Europakommisjonen sitt Horizon 2020- infrastrukturprogram gjennom prosjekt 871075 ‘ELIXIR-CONVERGE’.
